O Agrupamento de Escolas nº 2 de Loures foi constituído em abril de 2013 por despacho do Senhor Secretário de Estado do Ensino e da Administração Escolar, de 01/04/2013.
Posteriormente e com data de homologação de 20 de outubro de 2016, a denominação do Agrupamento foi alterada para Agrupamento de Escolas José Afonso, Loures.